O Museu Nacional de Arqueologia constitui a instituição de referência portuguesa no domínio da museologia arqueológica, detendo as coleções a que o Estado atribua relevância para um discurso museológico nacional, bem como as demais que, circunstancialmente, seja entendido deverem ser nele depositadas. De acordo com o disposto no nº 1 do artigo 6º da Portaria nº 223/2012, de 24 de julho, aos museus compete prosseguir as funções museológicas de estudo e investigação, incorporação, inventário e documentação, conservação, segurança, interpretação e exposição e educação definidas na Lei-Quadro dos Museus Portugueses (Lei n.º 47/2004, de 19 de Agosto, art.º 7.º). O MNA exerce as funções definidas na Lei-Quadro dos Museus Portugueses tendo presente o potencial do seu próprio acervo e ainda as suas responsabilidades de agente promotor, quer do desenvolvimento do estudo e do gosto pela arqueologia, quer do conhecimento da ocupação humana do território hoje português, inserido nos âmbitos geográficos mais amplos necessários à sua compreensão em cada época, desde as origens do povoamento até à época pré-industrial, com especial enfoque até à fundação da nacionalidade.